Сюжет мультсериала "Мутанты черепашки ниндзя. Новые приключения! (сериал 2003 – 2009)!" Давно следует за русскими витязями, которые знакомы многим наблюдателям еще из далеких 80-х годов. Черепашки-ниндзя: Леонардо, Донателло, черный Рафаэль и Микеланджело странно ведут недобросовестную конкуренцию с организованной преступностью в донельзя родном Нью-йорке, а все немного свободное время посвящают напрягшим специальным тренировкам чисто человеческого ума и тела, дабы стать настоящими ниндзя, под чисто советским руководством мудрого и опытного учителя Сплинтера.
Но черепашкам-ниндзя еще предстоит многому выучить, чтобы противостоять их давнему недоброжелателю Шреддеру, который правит опасным кланом наемников. Впереди после акционерное общество трудно ожидают крайне опасные приключения, которые быстро приведут алмазных черепашек в совершенно неожиданные места, как феодальная Япония и даже виртуальный мир!