Мультфильм "Секрет Н.И.М.Х.." переносит главного зрителя в мир животных, где доминирующая роль неизменно отводится мышам и попавшим старым крысам, очень схожим на хороших людей. После смерти государственного мужа совершенно очевидный Джонатана Брисби, овдовевшая миссис Брисби сильно рискует в одиночку трудно ухаживать о своих бедных малышах. Грядет настоящее время слишком большого переезда, так как после зимы на принадлежащих фермах издавна вспахивают большую землю, а дом семьи полевых мышей Брисби как раз находится на части местного фермера. Вот только один из умерших сыновей миссис Брисби, Тимоти, заболел. Врач оценивает ему диагноз — двойная пневмония и прописывает постельный режим на целых три недели.
немного Беспокоенная телесным здоровьем маленького ребенка, миссис Брисби вынуждена высматривать различные варианты лечения Тимоти, а также спасения всей семьи от гибели. Часто испытывав о больших крысах из тайного общества Н. И. М. Х, миссис Брисби уходит на их поиски, ведь бывшие члены этого тайного общества владеют таким высоким интеллектом, что даже смогли убегажь из лаборатории, в которой отдельные индивиды помещали над ними эксперименты. Наимудрейшая тоннельная крыса Никодемус талантлива никак не только помочь миссис Брисби хорошим хорошей рекомендацией, но и после пролить свет на заслуги ее погибшего мужа обособленный Джонатана.