Фильм "Черепашки-ниндзя 3" продолжает говорить о увлекательных, слишком веселых и опасных случаях ниндзя-черепашек, их учителя Сплинтера, а так же хорошей подруги-тележурналистки Эйприл О'Нил. На этот раз баскетбольной команде друзей скоро предстоит пьянящее неизбежное соперничество со злом отнюдь не в родном Нью-йорке, а в совершенно другой европейской стране да к тому же в другом времени. Покупав на слишком большой распродаже старинные вещи для своих любящих друзей, Эйприл и мрачно подумать отнюдь не могла о том, какие данных случаях их медлят впереди.
Старинный японский скипетр имеет магическими свойствами и переносит стоящую девушку в прошлое. Эйприл обнаруживается в 16 прошлом веке в феодальной Японии, буквально раздираемой открывшими мировыми войнами. Вслед за стоящим товарищем идут черепашки-ниндзя, но в обмен согласно древнего собора, куда попала Эйприл, товарищи обнаруживаются на каменном поле боя. Пока Эйприл воюет с крупными мужчинами, принявшими ее за злую колдунью, черепашки стараются выбраться из сражения, чтобы сразу поймать и спасти свою близкого друга.