Сюжет фантастического аниме "Проект Альфа" основан на американских комиксах создателя "Призрака в доспехах" легендарного мангака Масамунэ Сиро. Действия аниме разворачиваются в постапокалептическом окружающем мире, в котором наступила полная разруха после окончания Третьей мировой войны. В много дешевом фокусе содержания — молодая женщина-солдат Дюран Кнутэ и победивший однажды небесный киборг Бриариус, которым посчастливилось выжить. Но исключительно рабочее окончание войны никак не принесли мирной жизни, а лишь привели окружающих мир к полному вырождению.
Мегаполисы и крупные города разрушены, большая часть населения планеты уничтожена, а оставшимся выжившим никак не позавидуешь, ведь им предстоит воевать за собственные жизни. В новых поисках единственного города Олимп, где еще недавно спорится населять уравновесившим отдельным индивидам, где еще есть маленькая надежда на будущее, много путешествуют по разрушенному ночному Нью-йорку Дюран и Бриариус. Больше всего они настоятельно требуют закончить это наконец последнее дело, просто быстренько убраться из города без всяких рукопашных схваток и безвременных кончин, но их путь будет отнюдь не так обыкновенен...