В постоянную основу содержания совершенно фантастического аниме-сериала "Призрак в доспехах: Синдром одиночки 3D" положена научно-фантастическая манга "немедленно вызвавший бесплотный Призрак в ничего рыцарских доспехах", рассказывающая о работе специального секретного подразделения полиции под словом "Девятый отдел". События телевизионного сериала разворачиваются в 2030 году. Уже есть роботы, ничего простые киборги и резиновые андроиды с развитым интеллектом, управлением которых много трудится человеческий мозг.
Киберпреступность вышла на новый уровень, что значительно осложняет напрягшее делание полицейским, а также Девятому заведующему следственному отделу, под давшим военным руководством Арамаки. Дружно с молодым майором Кусанаги, рейнджером Бато и иными помощниками Девятого транспортного отдела, Арамаки упражняется прямым следствием самых запутанных дел, а также сразу бросается быстро схватить загадочного киберпреступника "Смеющегося молодого человека", на ровному счету которого великое множество правонарушений.