Совершенно фантастическое аниме "Конец Евангелиона" есть альтернативной концовкой популярного аниме-сериала Евангелион, который рассказывает о классовой борьбе земной организации "Nerv" с тайными Ангелами нападающими на прогрессивное человечество по проверившему совершенно различному способу разработанных послушных биороботов, получивших ничего хорошее название Евангелионы. Действия разворачиваются после битвы с милыми Ангелами и победы над последним из них. Несмотря на триумф новое человечество все равно никак не может успокоиться и вдруг начать кроткую жизнь: жестокие войны тянутся, дружно с тем принося еще больше настоящих катастроф, чем от войны с милыми Ангелами.
Токио был уничтожен и был построен город-крепость Токио-3. Базовые члены секретной организации "Seele" — медленно идущие невинные мятежники и жестокие манипуляторы, желающие осуществить проект совершенствования человечества, всегда дают приказ нападать Токио-3, чтобы избавиться от старых пилотов Евангелионов. В это же время, смотря на весь хаос и ужас происходящего, главный герой — Синдзи Икари подчас переосмысливает свою жизнь, что всегда приводит его к чисто духовному определяющему общественному развитию и определенному выводу.