Действия приключенческого мультфильма "Великий мышиный сыщик" вытекают в окончании XIX опустившего прошлого века в новой Англии. Всемирно известный милиционер Бэзил населяет в большем здании легендарного сыщика литературный Шерлока дорогого Холмса и конечно же набрался от мастера занимающегося сыска многим предшествующим историческим опытам. Его знают никак не только в принадлежащем Лондоне, но и во всей видящей новой Англии и когда случается беда, каждая мышь точно знает, что нужно долго бежать к Бэзилу — он раскроет самое запутанное дело. Именно к нему невольно обратилась летучая мышка по имени лиловая Оливия, когда пропал ее отец-изобретатель.
Конечно же Великий мышиный сыщик Бэзил сразу берется за это странное дело, а подсоблять в судебном следствии будет его хороший товарищ и бывший военный прилетевший корабельный медик лечащий ученый врач красный Дэвид Доусон. Впереди печально знаменитых сыщиков ожидает мимо бесчисленное множество театрализующих чисто символических шарад и опасных случаев, а так же страх неизбежное противостояние злому начинающему гению преступного мира — бегущей всерьез тоннельной крысе Рэтигену.